Helena Petäistö sai aivoinfarktin kesäkuussa 2016, mikä jätti hänet osittain halvautuneeksi vasemmalta puolelta ja vaati yli kahden kuukauden sairaalahoidon; hänen pitkä uransa Ylen Euroopan-kirjeenvaihtajana päättyi tähän sairauskohtaukseen. Nyt 74-vuotiaana hän on eläkkeelle jäätyään vuonna 2016 perustanut oman yrityksen, pitänyt ”Kuohuva Eurooppa” -luentoja ympäri Suomea ja kirjoittanut noin kymmenen kirjaa. Uusia tai pahentuneita terveysongelmia ei ole raportoitu.
Kohtaus iski yllättäen Brysselissä heti Brexit-huippukokouksen jälkeen. Hän muisteli Apu-lehdessä:
Huomasin jotain outoa vasemmassa kädessäni… ajattelin sen johtuvan jännityksestä.
Kun hän ei myöhemmin enää pystynyt pitämään teekuppia, hän ymmärsi tilanteen vakavuuden ja hakeutui Clinique Sainte Elisabeth -sairaalaan Brysselissä, jossa lääkärit vahvistivat aivoinfarktin. Koska varhaiset merkit olivat hienovaraisia ja aikaa oli kulunut liikaa, liuotushoito ei enää ollut mahdollinen. Petäistö selitti:
Kerron näistä asioista, jotta muut osaisivat ottaa huomioon pienimmätkin oireet ja hakea heti apua.
Hänen vasen puolensa oli aluksi halvaantunut, ja hän tarvitsi yli kahden kuukauden tehohoidon ja kuntoutuksen. Lopulta hän toipui riittävästi jatkaakseen kirjoittamista ja palasi Suomeen, jossa hän asettui virallisesti asumaan vuosikymmenten Pariisissa vietetyn ajan jälkeen. Vuonna 2017 hän vakuutti lukijoille:
Olen voinut oikein hyvin.
Sen jälkeen Petäistö on pysynyt näkyvänä hahmona suomalaisessa julkisessa elämässä kirjailijana ja luennoitsijana. Hänet on palkittu merkittävillä kunnianosoituksilla: Oulun yliopiston kunniatohtorin arvonimi vuonna 2022 ja Kultainen Venla -elämäntyöpalkinto vuonna 2023. Hän osallistui myös itsenäisyyspäivän juhliin sairastumisensa jälkeen ja kertoi:
Ajattelin, että minun täytyy yrittää kaikin voimin päästä paikalle.
